通常中医不建议吃益生菌，是害怕引发肠道菌群失调等问题，在西医方面来说并不存在不建议吃益生菌的观点，毕竟益生菌是西医的理论基础，吃益生菌可以补充体内的有效菌群，调节胃肠道，致使改善消化不良，腹泻，腹痛等症状。但是在中医方面认为，胃肠功能失调与脾失健运有关，影响胃的消化功能，应该使用健脾和胃的方法治疗，这也是为什么医生不建议吃益生菌的最根本原因!
在西医上来说，益生菌是可以调节肠道菌群的，当患者存在胃肠道不适时，可在医生的指导下服用益生菌制剂来进行治疗。则肠道菌群失调时有益，菌减少有害菌增加就会出现消化不良性的腹泻，肠胀气，大便性质改变或便秘等症状。在这种情况下，服用益生菌的话，可以增加肠道有益菌抑制有害菌群过度繁殖，改善肠道菌群紊乱的情况，能够缓解患者的不适症状。
哪怕是婴幼儿，由于胃肠道发育不完善，也可以适当的遵医嘱服用益生菌，同样能够促进肠道，建立正常的菌群，帮助婴幼儿稳定肠胃道的功能。由此可见，益生菌对人体还是有帮助的，不过并不建议患者私自的随意服用益生菌，最好是通过医生的叮嘱根据患者的自身体质以及症状，来服用益生菌。毕竟益生菌的种类，可是多种多样的，比如说有双歧杆菌四联活菌片，也有双歧杆菌，乳杆菌三联活菌片，乳酸菌素散等等。
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