甲流潜伏期一般为1-7天，多为1-3天。典型患者起病急，以发热为首发症状。
主要表现为急速发热、数小时内达38℃以上可呈稽留热、弛张热或不规则热，可伴有畏寒或寒战。有咽痛流涕鼻塞、咳嗽、咳痰、头痛、全身酸痛、乏力。部分病例出现呕吐和腹泻、肌肉痛、疲倦和球结膜充血等。
发热一般持续2-3天。轻型患者临床症状较轻，仅有轻微的上呼吸道症状无发热或低热。体征主要包括咽部充血和扁桃体肿大。常呈现自限性过程。
严重患者起病急剧，体温快速上升至39℃以上，并持续不退，超过3天，呼吸道症状明显加重，出现心率加快，呼吸急促，口唇发绀，气喘加重也可出现反应迟钝、嗜睡躁动等精神神经症状。
少数病例病情进展迅速，出现呼吸衰竭、多脏器功能不全或衰竭。本病可诱发原有基础疾病加重，呈现相应的临床表现，甚至发生严重病情，导致患者死亡。与流行性感冒相同，老年人、婴幼儿、慢性病患者及免疫力低下者常引起重症病例。另外外肥胖和妊娠也是引起本病加重的重要因素。
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